Sejak lahir hingga Januari 1994, PPSML-UI dipimpin oleh Prof.Dr.Ir. M. Soerjani. Januari 1994 hingga November 2000, Kepala PPSML-UI adalah Prof. Retno Soetaryono, SH,MSi. Mulai 23 November 2000 hingga April 2004 Kepala PPSML-UI adalah Dr.Ir. Setyo Sarwanto Moersidik, DEA. Mei 2004 – April 2006 Dr. Suyud W. Utomo, MSi menjadi Plh Kepala PPSML-UI. Sejak April 2006 Dr. Setyo S. Moersidik, DEA kembali menjadi Kepala PPSML-UI sampai dengan April 2011. Sejak April 2011 sampai dengan sekarang PPSML PPS UI dipimpin oleh Prof.Dr.Haryoto Kusnoputranto, Dr.Ph.